Wydziały
Uczelnia składa się z pięciu wydziałów, będących podstawowymi jednostkami naukowo-dydaktycznymi.
Wydział Elektryczny
Studia na Wydziale prowadzone są na czterech nowoczesnych kierunkach technicznych. Są to:
- Elektrotechnika,
 - Elektronika i Telekomunikacja,
 - Informatyka oraz
 - Systemy Teleinformatyczne.
 
W związku z wieloletnią tradycją i doświadczeniem Wydział przygotowuje specjalistów do pracy na statkach morskich na stanowiskach elektroautomatyka okrętowego lub radioelektronika okrętowego. Jednocześnie, wychodząc naprzeciw zapotrzebowaniu rynku pracy, rozpoczęto kształcenie w specjalnościach typowo lądowych.
Wydział Mechaniczny
Studia na kierunku Mechanika i Budowa Maszyn prowadzone są w czterech specjalnościach:
- Eksploatacja Siłowni Okrętowych i Obiektów Oceanotechnicznych,
 - Technologia Remontów Urządzeń Okrętowych i Portowych,
 - Inżynieria Eksploatacji Instalacji oraz
 - Inżynieria Produkcji.
 
Absolwenci typowo morskiej specjalności Eksploatacja Siłowni Okrętowych i Obiektów Oceanotechnicznych są zatrudniani przez armatorów z całego świata i uzyskują bardzo wysoką ocenę przydatności zawodowej. Dzięki szkoleniu, zgodnemu z międzynarodową konwencją STCW’78/95, mają zapewnioną szybką drogę awansu w karierze zawodowej.
Wydział oferuje również studia na kierunku Eksploatacja i Diagnostyka Systemów Technicznych w specjalnościach:
- Diagnostyka Urządzeń Technicznych oraz
 - Zarządzanie Eksploatacją Elektrowni Wiatrowych.
 
Osoby chcące rozwijać swoją karierę w branży offshore wind mogą z kolei aplikować na kierunek Morska Energetyka Wiatrowa. Absolwenci tych studiów II stopnia będą przygotowani do pracy w przedsiębiorstwach funkcjonujących w obszarze energetyki wiatrowej, zakładach zaplecza technicznego i diagnostycznego MEW, morskim transporcie związanym z działalnością offshore, w jednostkach samorządowych i badawczo-rozwojowych w działach związanych z OZE czy zakładach energetycznych, w szczególności zajmujących się przetwarzaniem, dystrybucją i integracją energii z farm wiatrowych i innych źródeł odnawialnych.
Wydział Nawigacyjny
Wydział Nawigacyjny kształci studentów na kierunku Nawigacja w specjalnościach:
- Transport Morski,
 - Technologie Offshorowe,
 - Zarządzanie Bezpieczeństwem w Transporcie Morskim,
 - Administrowanie Polską Strefą Ekonomiczną,
 - Eksploatacja Zbiornikowców,
 - Morskie Systemy Informacyjne,
 - Pomiary Hydrograficzne i Oznakowanie Nawigacyjne
 
oraz na kierunku Transport w specjalnościach:
- Transport i Logistyka,
 - Logistyka w Sektorze Offshore,
 - Morskie Systemy Transportowe i Logistyczne,
 - Zarządzanie Infrastrukturą i Środkami Transportu Śródlądowego oraz
 - Eksploatacja Systemów Transportowych i Logistycznych.
 
Celem studiów w specjalności Transport Morski jest przygotowanie wysokiej klasy specjalistów w zakresie eksploatacji statku w transporcie morskim. Absolwent tej specjalności otrzymuje dyplom ukończenia studiów wyższych i tytuł magistra inżyniera nawigatora morskiego. Po odbyciu, określonej przepisami, praktyki otrzymuje również dyplom oficera i uprawnienia do sprawowania funkcji oficerskich i kierowniczych na statkach w dziale pokładowym.
Wydział Zarządzania i Nauk o Jakości
"Z tradycją w nowoczesność" to hasło odzwierciedlające blisko 50-letnie doświadczenie Wydziału oraz kierunek działania uwzględniający potrzeby innowacyjnej gospodarki. Wydział Zarządzania i Nauk o Jakości kształci kadry dla lądowych sfer gospodarki morskiej oraz na potrzeby gospodarki i instytucji regionalnych. W swej ofercie posiada studia pierwszego i drugiego stopnia na dwóch kierunkach:
- Inżynieria Jakości oraz
 - Zarządzanie,
 
bogatą ofertę studiów podyplomowych, jak również studia trzeciego stopnia - studia doktoranckie.
Od 1998 roku Wydział posiada uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk ekonomicznych w zakresie towaroznawstwa. Decyzją Centralnej Komisji ds. Stopni i Tytułów z dnia 17.12.2012 Wydział otrzymał pełne prawa akademickie, uzyskując tym samych prawo do nadawania stopnia naukowego doktora habilitowanego nauk ekonomicznych w dyscyplinie towaroznawstwo.
Wydział Informatyki
Wydział Informatyki jest najnowszym Wydziałem Uniwersytetu Morskiego w Gdyni, powstał w 2024 roku. Przedstawienie oferty dla kandydatów na kierunku Informatyka jest planowane na wiosnę 2025 roku.
